После развода родителей старшеклассник Каи с отцом переезжает из Токио в маленькую рыбацкую деревушку. Парень одинок и угрюм, в школе нет никого, с кем он мог бы обсудить всё то, что его волнует. Единственная отдушина подростка — сочинение музыки, которую он потом выкладывает в сеть. Однажды одноклассники Кая, узнав о его музыкальных способностях, зовут его в свою группу. Каи соглашается, и ребята отправляются на остров Мерфлок спокойно порепетировать. Там Каи встретит русалку по имени Лу, которой суждено перевернуть не только его жизнь, но и жизнь маленького городка.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди пытаются наладить мирную жизнь.

16-летняя Судзумэ живёт в тихом городке на острове Кюсю. Однажды по дороге в школу она встречает молодого путешественника, который спрашивает, где в окрестностях находятся развалины. Любопытство берёт верх, и девушка решает посмотреть, что же там такого интересного — пробирается на местную заброшку, находит там загадочную дверь, открывает её и вытаскивает из земли странный камень. Вскоре из открытой двери выбирается гигантская сущность и провоцирует землетрясение. Теперь Судзумэ вместе с тем самым незнакомцем, внезапно обращенным в детский стульчик, приходится отправиться в погоню за вредным говорящим котиком, чтобы закрыть открывающиеся по всей стране двери и предотвратить новые разрушения.

Позади изнурительный декабрь, близится окончание учебного года. У Сакуты и Маи осталось не так много времени, ведь Маи в этом году оканчивает школу. Тем временем Каэдэ, сестра Сакуты, планирует поступить в школу, где учится брат.