Сюжет разворачивается на просторах альтернативной Японии, в постепенно вымирающем городе Сугомори. Главный герой, как часто бывает, - нелюдимый парнишка, которому однажды посчастливилось стать избранным. В чем состоит это счастье? Согласно системе, избранные делятся на команды по восемь человек, они становятся связанными в экспериментальной программе – «кизнайверами». В команде нашего героя народ разнообразный – от тихонь до бунтарей. Но… Ребята всё делают вместе: проводят время, спорят, смеются, и даже ранение одного разделяют все. Что за волшебное чувство коллективизма! С момента появления связывающей системы, население стало сильно сокращаться. А герои как раз борются за мир! Только бы никто серьезно не поранился, а то всем достанется…

Жизнь 12-летнего Дэна Кудзо и его команды кардинально меняется в день, когда они знакомятся с бакуганами, прилетевшими с другой планеты. Теперь ребята и бакуганы борются со злодеями, которые пытаются использовать инопланетян в своих коварных целях.