Такато и Гильмон отправляются на Окинаву на отдых. Там они знакомятся с другим укротителем по имени Минами. После возвращения популярный компьютерный питомец внезапно становится вирусом, который начинает массово заражать все компьютеры в городе. Такато пытается разобраться в ситуации, замечая, что почему-то все дигимоны начинают атаковать Минами.

История начинается с того, как мальчик по имени Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, паренёк отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя попадает в очень странное место, где полным-полно детей и поездов. Сев на один из них, мальчик, вместе с ещё четырьмя людьми, отправляется в Цифровой мир, который им предстоит спасти. По пути они должны будут найти духов, при помощи которых друзья смогут превращаться в легендарных дигимонов. Однако враги уже знают о том, что они прибыли и самый главный из них — Керубимон — готов пойти на всё, лишь бы не позволить им найти духов.

Тихо-мирно путешествующие по Дигимиру избранные неожиданно оказываются втянуты в жестокую и беспощадную войну Дигимонов-людей и Дигимонов-зверей. Каждая сторона активно убеждает избранных помочь именно ей победить “коварного и подлого” противника. И ничто не может остановить бессмысленные сражения, кроме вмешательства древних Дигимонов... или дружбы между детьми заклятых врагов.