Пытаясь превзойти собственного отца в навыках ближнего боя, Баки отправляется в тюрьму Аризоны, чтобы сразиться с легендарным заключённым Бисквитом Оливером по прозвищу мистер Освобождённый.

Среди вершин Арарата секретная организация Аркам обнаруживает нечто похожее на Ноев ковчег. Объектом хочет завладеть одно из подразделений Пентагона, и остановить его может только Спригган — спецотряд Аркама. Агенты Спригган японец Ю Оминаэ и француз Жан-Жак Монд объединяются, чтобы помешать американцам под предводительством полковника МакДугалла, мальчика с сверхъестественными способностями, использовать ковчег для своих целей.

Синдзиро Хаята — сын Сина Хаяты, который был первым Ультраменом — наделён особенной силой. Однако узнаёт он об этом лишь когда подвергается нападению неизвестных. Ультрамен спасает Синдзиру и рассказывает о том, что он — его отец. Синдзиро надевает костюм Ультрамена, предоставленный мистером Идом, бывшим членом Специального научного поискового отряда, и решает отныне во всём помогать отцу. Впереди их ждёт большая битва.