Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом - молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, - надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле - оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, - обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.

300 лет назад неудачный генетический эксперимент привел к мутации всех лесов на Земле. Наделённая сознанием растительность стремилась уничтожить всё человечество, что привело к опустошающей войне. Маленький мальчик Агито живёт с отцом в деревне, которая поддерживает шаткое перемирие с соседним лесом. Однажды Агито, направляясь за водой, находит девушку, спящую в таинственной машине.