Альтернативная реальность, соответствующая началу XX века. В руках девочки по имени Сита находится Летающий Камень. За ним охотятся агенты правительства и пираты, потому что Камень представляет огромную ценность. Пытаясь скрыться от преследователей, Сита встречает Падзу, своего ровесника, работающего в шахтерском городке. Вместе дети выясняют, что Камень — ключ к таинственному летающему острову Лапута.
Спустя 31 год после Третьей мировой войны и ядерной бомбардировки столицы Японии, воссоздан новый город - Нью-Токио. Внешне все под контролем, однако страна теперь напоминает профашистское государство, жесточайшим образом подавляющее попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические опыты над людьми для разработки совершенного вида оружия. Военные в лице полковника Сикисимы, руководителя проекта биологических военных экспериментов, входят в конфликт с правительством. А в стране возникает религиозный культ сверхчеловека по имени Акира, приход которого, якобы, сможет решить все проблемы Японии.
В провинции Ямасиро неожиданно начинается эпидемия чумы. Все жители бегут оттуда, а глава одного из соседних самурайских кланов, клана Мотидзукэ, отправляет на разведку в эти места подчиняющиеся ему остатки клана ниндзя Кога. Однако какие-то странные существа, наделенные невероятной силой, мгновенно расправляются с незваными гостями, и спастись удается только девушке-ниндзя Кагэро, потому что ей помог бродячий ниндзя-самурай Дзюбэй. Но Дзюбэй и не догадывается, что убил не просто демона, а одного из Восьми демонов Кимона — группы воинов с поразительными нечеловеческими возможностями, и для оставшейся семерки он теперь — смертельный враг.
Тихиро с мамой и папой переезжает в новый дом. Заблудившись по дороге, они оказываются в странном пустынном городе, где их ждет великолепный пир. Родители с жадностью набрасываются на еду и к ужасу девочки превращаются в свиней, став пленниками злой колдуньи Юбабы. Теперь, оказавшись одна среди волшебных существ и загадочных видений, Тихиро должна придумать, как избавить своих родителей от чар коварной старухи.
Будущее. В городе Метрополис, где живут люди и роботы, властвуют жёсткие общественные структуры, а беспорядки и вспышки насилия усиливаются с каждым днём. В поисках доктора Лотона, которого подозревают в торговле органами, детектив Сюнсаку Бан и его племянник Кэнъити прибывают в Метрополис. В лаборатории Лотона Кэнъити обнаруживает странную девушку.