Прошло три года после возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Земляне вернули свою планету с Космореверс и подписали мирный договор с Гамилусом. В дополнение был разработан новый оборонный флот, который включает в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши, Земля идёт по пути военной экспансии. «Ямато» помогает достичь «мира», но его цена забирает слишком много жизней. Тем временем богиня Тереза, которая молится за спокойствие в космосе, призывает «Ямато» к новому плаванию. Угроза со стороны Гатлантиса охватывает всю вселенную и приближается к Земле.

Действие разворачивается в мире, который был уничтожен, но затем полностью воссоздан в виде заводного механизма. В один прекрасный день на дом ученика старшей школы Наото Миуры падает чёрный ящик, внутри которого оказывается девушка-робот.

Фуюдзора Когараси — бедствующий экстрасенс, в которого заселился злой дух. В поисках дешёвого жилья он приходит в Юраги, гостиницу на горячих источниках с загадочным прошлым, и знакомится с её обитателями — толпой своенравных девушек. Первая из них — призрак гостиницы Юна, которая не может уйти в мир иной. Несмотря на протесты девушек, Когараси всё же остаётся жить в этой необыкновенной гостинице…

Фуюдзора Когараси — бедствующий экстрасенс, в которого заселился злой дух. В поисках дешёвого жилья он приходит в Юраги, гостиницу на горячих источниках с загадочным прошлым, и знакомится с её обитателями — толпой своенравных девушек. Первая из них — призрак гостиницы Юна, которая не может уйти в мир иной. Несмотря на протесты девушек, Когараси всё же остаётся жить в этой необыкновенной гостинице…

Триумфальное возвращение сериала, созданного по роману Сёдзи Гато, спустя 13 лет после выхода хронологически предшествующего «Нового рейда». Прослывший в школьных кругах сумасшедшим милитаристом, находясь под прикрытием, являющийся в действительности молодым сержантом и не знающий ничего, кроме военного дела, Сосукэ Сагара с большим трудом влился в коллектив своих сверстников и всё благодаря безумно вспыльчивой активистке Канамэ Тидори, безопасность которой по сей день является его приоритетной задачей. Всё из-за того, что знания, опережающие на многие года технологический прогресс и впоследствии пробудившие по-настоящему сверхъестественные способности, оказались неведомым образом помещены в её голову и волею случая заинтересовали многие террористические группировки, напавшие на след такого очевидно лакомого кусочка. До сих пор Сагара, в довесок ко всему управляющий уникальным высокотехнологичным меха-роботом, совмещал насыщенные школьные будни и навязчивую слежку за Тидори с периодическими вылетами на боевые задания. Вместе они прошли огонь и воду, сражаясь с «Амальгамой» и Гауроном и прочими охочими до способностей девушки личностями, отличающимися девиантным поведением. Однако Леонард Тестаросса не оставляет и надежды на отдых, решив взять реванш у «Мифрила» за поражение своей организации, в частности у самого Сосукэ Сагары, и одержать победу, невзирая на цену, которую ему придётся за это заплатить.