Из-за своих паранормальных способностей, маленьких братьев Наото и Наоя забирают у родителей и помещают в научно-исследовательский центр. Спустя пятнадцать лет им удаётся сбежать, но мир за это время стал совсем другим.

Ремейк сериала 1972 года, который дал развитие жанра меха. «Настоящий Мазингер Зет» перезапускает историю с новыми персонажами и сюжетом, не связанным с оригинальным. В недалеком будущем человечество совершит новую энергетическую революцию, сравнимую с открытием мощи атома, энергию фотонов. Выделенная из руды, найденной у подножья горы Фудзиямы, новая энергия должна была решить большинство энергетических проблем мира. В надежде захватить новый вид энергии, Доктор Хелл (Dr.ヘル), сумасшедший, жаждущий мирового господства ученый, а также его приспешники — Барон Асюра (あしゅら男爵), Граф Брокен и Виконт Пигман командуя армией механических монстров, найденных в руинах древней Греции, пытаются найти лабораторию по исследованию новой энергии. Их атаку на нее отразил Кодзи Кабуто (兜 甲児), несдержанный подросток, пилотирующий робота Мазингер Зет, который был построен на мощи энергии фотона его дедушкой Дзюдзо Кабуто . Но в эту битву между Доктором Хеллом и семьей Кабуто вмешаются посторонние силы: окруженная легендами цивилизация Микенов и острова Бардос, загадочные секреты, оставленные Мазингером Зет...