Однажды девушка по имени Пандора открыла ящик, который не следовало открывать. Так в наш мир попали осколки бедствий, способные уничтожить планету. Чтобы предотвратить конец света, Пандора отправляется на поиски осколков, которые необходимо как можно скорее вернуть обратно. Во время путешествия она встречает весёлую девочку-джинна Акуби, и та соглашается помочь ей.

Альтернативная Япония, 1931 год. Идет 64-й год периода Мэйдзи, сёгунат Токугава так и не был свержен, и император Мэйдзи не вернул себе власть. За порядком в стране следит «Нуэ» — организация правительственных карателей. Кроме того, в Японии был разработан собственный источник энергии под названием Жила дракона, и страна достигла уникального уровня развития, сочетающего научно-технический прогресс с культурой Эдо. Тем временем диссидентская организация «Кутинава» планирует переворот; в «Нуэ», которая должна ее уничтожить, назревает конфликт; а Сава Юкимура ищет палача, который убил её семью, когда она была ещё ребенком.

После развода родителей Коёми Такасаки, живущий с его матерью, поступает в новую школу, где пытается завести друзей, но его социальная неловкость в сочетании с атмосферой сосредоточенности на учёбе приводит к тому, что ему это не удаётся. Однажды к нему внезапно обращается его одноклассница Кадзунэ Такигава. Она рассказывает, что прибыла из 85-го мира, где они с Коёми давным-давно встречаются.

В далёком будущем люди были вынуждены покинуть Землю и мигрировать в другую галактику. Первой на выбранную для заселения планету прибывает передовая группа космических кораблей, перед которыми стоит задача провести терраформирование.

Неунывающая школьница и дзюдоистка Мити Сонода объявляет своей подруге Санаэ Такигаве, что оставит спорт после победы на грядущем школьном турнире, поскольку хочет, чтобы молодость у неё ассоциировалась с романтикой и парнями, а не с потными татами. Для Санаэ такие новости как снег на голову, ведь именно Мити привела её в секцию дзюдо. Однако план Мити терпит крах, поскольку на турнире она с позором проигрывает Тове Хиуре, которая, как выясняется позже, перевелась в ту же школу, где учатся Мити и Санаэ.