По сюжету Наруто сажают в тюрьму под названием «Кровавая тюрьма» за покушение на убийство Райкагэ и убийство нескольких синоби, и Наруто пытается доказать свою невиновность.

Команда №7 под руководством Ямато получила миссию схватить Мукаде. Но он использовал поглощающую печать и отправил себя и окружающих в прошлое, где Наруто встречается с командой Минато и королевой Сарой. Все вместе они попытаются раскрыть тайну города Роуран и найти преступника, пришедшего туда за 6 лет до Наруто.

Наруто Узумаки, отправившись на пикник со своим отрядом, неожиданно находит кувшин с Джином! И Джин, по обычаю, готов исполнить три заветных желания. Но что может загадать человек, так яро желающий стать Хокагэ?

Сюжет фильма повествует о том, как у Луффи украли его соломенную шляпу и о ее поисках.