Айко живёт в святилище с раздвижной дверью, роспись на которой почему-то закончена лишь наполовину. Девочка мечтает дорисовать её, когда вырастет. Однако у 17-летней Айко совсем нет времени на мечты. Внезапно перед святилищем появляется странный человек. Дед Айко и главный священник предлагают человеку остаться в храме, но Айко возражает. Так или иначе девушка понимает, что прибывший молодой человек не проявляет зла, и со временем сама с ним сближается. Какова истинная личность гостя?
Девочка вынуждена перебраться из большого города в деревню из-за работы отца. В школе одноклассники не горят желанием дружить с новенькой. И хотя есть среди них мальчик, которого ей хотелось бы узнать получше, она не предпринимает для этого никаких шагов, так как боится, что он захочет её обидеть. Вскоре она начинает ненавидеть деревню и отчаянно скучать по городу, но тут ей встречается Бог ветра.
Третьеклассница Химэно переезжает в огромный особняк в провинции. Вскоре она обнаруживает, что это дом ниндзя! Ниндзя Акамаки (aka — красный), Аомаки (ao — синий) и Кииромаки (ki iro — жёлтый) принимают Химэно за принцессу и помогают ей решать проблемы при помощи своих уникальных способностей. Но это лишь малая часть их возможностей! Когда Аомаки и Кииромаки объединяются, они образуют Мидоримаки (midori — зелёный). Схожим образом при объединении Акамаки и Аомаки образуется Мурасакимаки (фиолетовый), а когда объединяются Акамаки и Кииромаки, образуется Дайдаймаки (оранжевый). Жизнь с этими разноцветными ниндзя только начинается, когда они узнают, что сильный ураган направляется в сторону особняка. Что произойдет с семьей Химэно? Смогут ли разноцветные ниндзя защитить девочку?
В мире, где человечество столкнулось с угрозой таинственных существ под названием «Эрджи», способных превращать людей в камень, юная девушка по имени Сэнку стремится найти лекарство от этого проклятия. После того как её отец, известный учёный, превратился в камень, она посвящает свою жизнь науке, чтобы спасти его и остальных. Её поиски приводят её к древним руинам, где она находит загадочного мальчика по имени Тайдзю, который провёл тысячи лет в каменном состоянии, но остался жив. Вместе они отправляются в опасное путешествие, чтобы раскрыть тайну «Эрджи» и создать противоядие, которое спасёт мир. По пути Сэнку и Тайдзю встречают союзников и врагов, включая могущественную организацию, стремящуюся использовать силу «Эрджи» в своих целях. Дружба и преданность героев подвергаются испытаниям, а их научные открытия ставят под сомнение саму природу человечества. Сэнку приходится выбирать между спасением мира и личными жертвами, а Тайдзю раскрывает свою истинную сущность, связанную с древней цивилизацией. В финале их ждёт решающая битва, где наука и мужество столкнутся с тьмой, угрожающей уничтожить всё живое.