Великая Восточно-Азиатская Империя, простирающаяся от Японии до всей Азии, вот уже полвека находится в состоянии холодной войны с могущественной Европейской Республикой. Обе сверхдержавы сковывает хрупкое равновесие, основанное на силе их секретного оружия — отрядов девушек-куноичи, обладающих магической энергией. Главная героиня, Сакура Юмико, простая и жизнерадостная школьница из Токио, неожиданно узнает, что является наследницей легендарного клана ниндзя и обладает невероятной силой. Её насильно забирают в элитную академию «Императорский Цветок», где она должна освоить древние техники, чтобы стать живым оружием в грядущем конфликте. Однако Сакура отказывается быть просто пешкой в чужих играх. Её доброе сердце и вера в людей ставят под сомнение саму суть бесконечного противостояния. Вместе с новыми союзницами из отряда «Лепестки Сакуры» она начинает видеть, что за фасадом пропаганды скрываются обычные граждане, мечтающие о мире. Их миссия усложняется, когда на сцену выходит таинственный европейский отряд «Стальные Рыцари», чьи цели оказываются куда более зловещими, чем кажется. Юмико предстоит не только раскрыть заговор, угрожающий погрузить整个世界 в огонь настоящей войны, но и найти в себе силы объединить враждующие стороны, доказав, что истинная мощь заключается не в разрушении, а в желании защитить всех, кого ты любишь.