События происходят после инцидента, происшедшего в 2116 году на территории Ассоциации государств Юго-Восточной Азии, после которых Синъя Когами продолжает странствовать. В маленькой южно-азиатской стране Синъя спасает автобус с беженцами от вооружённых партизан. Среди беженцев находится молодая девушка — Тэнцзынь Вангчук. Тэнцзынь упрашивает Синъю научить её бороться, чтобы отомстить за убийство её родителей.

События происходят летом 2112 года, перед тем как Аканэ Цунэмори была назначена инспектором первой группы отдела уголовных расследований Бюро Общественной Безопасности. Тэппэй Суго, опытный пилот пятнадцатой объединённой оперативной группы Вооружённых сил, присоединяется к военной операции на острове Окинава. Тремя месяцами позднее беспилотный боевой дрон открывает огонь по Министерству обороны в Токио. Исполнитель первой группы отдела уголовных расследований Бюро Общественной Безопасности Томоми Масаока отправляется на военную базу Суго, чтобы расследовать происшествие в Токио.

Действия разворачиваются в 2117 году, спустя около полугода после событий фильма «Психопаспорт. Фильм». Бюро Общественной Безопасности расследует странные события, связанные со специальным учреждением для содержания потенциальных преступников под названием «Обитель». С помощью новой комбинации наркотиков и особой терапии в «Обители» удалось создать идеальное общество нового типа, где потенциальные преступники действуют в гармонии друг с другом и выполняют работу, полезную для общества, сохраняя свой коэффициент преступности на удовлетворительном уровне. Однако, когда в здание Бюро врезается автомобиль, управляемый травмированной женщиной — психологом-консультантом, работающем в «Обители», чьё психологическое состояние было повреждено из-за неизвестных наркотиков — становится ясно, что общество, созданное «Обителью», не так идеально, как все считают.