Будущее. Победив инопланетян с помощью боевых андроидов неанов, человечество колонизирует Марс, и наступает долгожданный мир. Поскольку боевые функции неанов становятся не нужны, их превращают в рабочих, и они становятся гражданами второго сорта по сравнению с людьми. Нуждаясь в ежедневной дозе специального наркотического нектара для поддержания жизнедеятельности, андроиды полностью зависят от своих хозяев-людей. Однако среди андроидов существует особый вид — протоны, способные трансформироваться в специальный экзоскелет со сверхчеловеческими способностями. К этой группе принадлежит Руж Редстар, которая работает под прикрытием в правительственной организации и вместе с напарницей-человеком Наоми Ортман занимается расследованием преступлений, связанных с андроидами.

Десять лет назад отец Рентона Адрок Торстон, исправляя свою ошибку вместе с таинственным пилотом Эврикой, вызвал событие, которое изменило всё и принесло ему титул героя. Теперь Эврика находится в критическом состоянии, поскольку Рентон покидает команду «Гекко-Го». Юноша оказывается на попечении старых друзей отца, и теперь ему предстоит сделать выбор — остаться с любящей семьей, которую он всегда хотел, или заслужить любовь, которую всегда искал.

События Soul Eater Not будут происходить параллельно сюжету оригинальной истории, а местами и до её старта – в те времена, когда Мака и Сол были еще совсем зелены. Главной героиней становится девушка-оружие Цугумэ,которая впервые прибывает в академию и еще ни разу не принимала форму оружия.