Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах прошлого. Но покой ему только снится: жителей планеты начинает поражать странная болезнь, а в окрестностях появляется таинственный незнакомец по имени Кададж, явно замышляющий дурное. И его недобрые планы как-то связаны с беззащитными сиротами.

Волшебное королевство Люцис является домом для священного Кристалла, но враждебная империя Нифльхейм не остановится ни перед чем, чтобы захватить реликвию. Король Люциса Регис возглавляет элитный отряд солдат, именуемых «Кингсглейв». Вооружившись магией короля, Никс Ульрик и его верные товарищи из Кингсглейв становятся на защиту столицы Инсомния, чтобы остановить неумолимое наступление имперской армии. Перед превосходящими силами Нифльхейма Королю Регису ничего не остаётся, как согласиться на ультиматум, уступив все свои земли за пределами столицы и женив сына Ноктиса на Леди Лунафрее, бывшей принцессе ныне захваченной земли Тенебра. В разбушевавшейся войне махинации Нифльхейма превращают Инсомнию в грандиозное поле битвы, затягивая Никса в борьбу за выживание всего королевства.