Юные Мако, Мико и Муцуко приходят на день открытых дверей начальной школы Сент-Клер. Блуждая по коридорам, девочки попадают в заброшенный научный кабинет, где находят анатомическую модель человека – ту самую, у которой отсутствует часть кожи, видны мышцы, вынимаются внутренности и глаза. Потрясенные дети решают сделать несчастного немного красивее. Однако внезапно муляж оживает. На самом деле это великий ученый Кюнстлиджик, один из Полуночников – существ, живущих в ночной школе. Увидев, как разукрасили его дошколята, Кюнстлиджик свирепеет и решает им отомстить. Вместе со своим партнером и соседом по кабинету, моделью скелета по имени Гот, взбешенное учебное пособие разрабатывает план мести под названием «Ночная школьная вечеринка».

В небольшом японском городке Мабасэ жил двенадцатилетний школьник по имени Наота Нэндэбэ. Он казался самым обычным подростком — учёба, прогулки с друзьями и редкие попытки добавить в повседневность немного экстрима, например, забравшись на заброшенную стройку. Всё шло своим чередом, пока однажды во время прогулки с Мамеми — бывшей девушкой его старшего брата — он не услышал рёв мотороллера, промчавшегося мимо. На стильном жёлто-чёрном «Веспа» ехала необычная девушка с синей электрогитарой за плечами — её звали Харуко Харухара, и эта встреча изменила его жизнь навсегда. Харуко с невероятной скоростью сбивает Наоту, нанося ему сильнейший удар, после которого он оказывается на грани жизни и смерти. Девушка мгновенно оказывает первую помощь, но на этом контакты с ней не заканчиваются. С этого момента она становится неотъемлемой частью его жизни, неожиданно появляется в его доме в роли горничной, и скрыться от неё невозможно. Более того, после удара по голове из черепа мальчика начинают вырываться странные механизмы и роботы, словно открывшие портал в новую реальность. Простой школьник оказывается втянут в цепочку загадочных и масштабных событий, превращающих его мир в настоящее научно-фантастическое безумие.